Pada awal  berdirinya SMAN 12 Padang tepatnya pada  awal tahun pelajaran  1994/1995, dimana  statusnya adalah di bawah gendongan  SMA NEGERI 1 Padang dan pelaksanaan proses belajar mengajar (PBM) dilaksanakan di gedung SD Negeri 20 Nanggalo kelurahan Kurao Pagang, Kecamatan Nanggalo Padang.

Beranjak dari  kondisi  serba kekurangan, Bapak Drs Yusmar selaku  kepala sekolah SMAN 1 Padang menghantarkan SMA 12 Padang memiliki gedung  sendiri pada tahun 1996 yang berlokasi di gurun laweh kecamatan Nanggalo Padang. Atas dukungan semua guru yang ada dan staf tata usaha dan pihak BP3 yang diketuai oleh M Sidiq Rajo Lelo.  Bapak Drs.Truman sebagai pelaksana harian  telah  melakukan berbagai bentuk usaha untuk mengembangkan SMAN 12 Padang mencapai stanbard pendidikan yang layak.

Akhir  tahun  pelajaran 1995/1996 SMAN 12 Padang ditunjuk  sebagai pelaksana program unggulan untuk daerah Kota Padang. Hal ini  dimaksudkan untuk memacu  peningkatan prestasi dan memeratakan mutu pendidikan SMA di kota Padang. Selain itu SMA 12 Padang juga ditetapkan  sebagai  pelaksana program sekolah berbakat sesuai dengan kebijakan kanwil Depdikbud Provinsi Sumatra Barat saat itu.

Pada awal tahun  pelajaran 1996/1997 SMA Negeri 12 Padang telah berdiri sendiri yaitu telah dilantiknya Drs. Novezar Muchtar sebagai kepala sekolah  definitif tepatnya pada tanggal 6 juni 1996 maka kepemimpinan II SMAN 12 Padang dibawah pimpinan Drs. Novezar Muchtar, mulai tahun inilah SMAN 12 Padang terus melangkah meraih prestasi dalam meningkatkan mutu pendidikan SMA di Kota Padang. Drs Novezar Muchtar mengakhiri masa  jabatannya pada tahun 2001.

Kemajuan-kemajuan yang telah dicapai pada kepemimpinan Drs. Novezar Muchtar dilanjutkan oleh Drs. Agustaman yang dimulai  pada januari 2001 sampai dengan februari 2002. Drs Agustaman tidak lama memimpin SMAN 12 Padang karena meninggal dunia dipanggil yang maha kuasa.

Kepimpinan SMAN 12 Padang yang ke III adalah  Drs Suardi Dahlan, beliau juga meraih prestasi dalam mengkondisikan masyarakat gurun laweh bersaing meraih prestasi terutama untuk masuk ke SMAN 12 Padang tidak ada lagi penerimaan siswa kelas 1 dari jatah-jatah tokoh masyarakat gurun laweh. Apa yang telah dilakukan Drs. Suardi Dahlan dengan segala resiko dan tantangan dari ninik mamak tokoh masyarakat gurun laweh berhasil dilewati dengan cara mengadakan dakwah ramadhan keliling dari mesjid ke mesjid, belajar tambahan gratis di SMAN 12 Padang bagi siswa SMA/MTS kelas III yang berdomisili di kecamatan Nanggalo. Hal ini mendapat respon positive oleh kepala dinas pendidikan Drs. H Nur Amin, M.Pd dan walikota padang Drs.Fauzi Bahar,M.Si dan dijadikan sikap ini sebagai cikal PSB online di kota padang. Seiring bergulirnya mutasi dikota padang kepala sekolah yang ke IV ini mengakhiri masa jabatannya di SMAN 12 Padang dan dimutasikan Ke SMAN 1 Padang pada bulan juni 2004.

Kepemimpinan  SMAN 12 Padang yang ke IV adalah Drs. Masril, Dimasa  kepemimpinan Drs.Masril,M.Pd ini SMAN 12 Padang kembali meraih  prestasi dibidang lingkungan hidup 3 tahun berturut-turut SMAN 12 mendapat penghargaan dari BAPEDALDA Kota padang dan provinsi dengan meraih predikat juara 1 sekolah bernuansa lingkungan pada tahun 2006, juara harapan sekolah adiwiyata tingkat provinsi pada tahun 2007 dan 2008 kembali meraih predikat harapan 1 sekolah adiwiyata. Bulan juli 2008 prestasi dibidang akademik juga meningkat terlihat dari semakin banyaknya siswa yang diterima diperguruan tinggi negeri. Selain itu pada tahun 2007/2008 kepala sekolah yang ke IV ini meraih predikat juara 1 kepala sekolah berprestasi se kota padang, Drs.Masril,M.Pd mengakhiri masa jabatannya di SMAN 12 Padang pada bulan juli 2008 dan dimutasikan ke SMAN 6 Padang.

Kepemimpinan SMAN 12 Padang yang ke V dijalankan oleh Drs. Prima yunaldi,M.M. Kemajuan yang telah diraih selama ini berhasil dipertahankan seperti di bidang sekolah adiwiyata, SMA 12 Padang kembali meraih peringkat IV provinsi. Di bidang akademik SMA 12 Padang berhasil  meraih juara 1 olimpiade bahasa jepag tingkat SMA yang diadakan di UNAND dan banyak prestasi lainnya. Selain itu jumlah siswa yang tembus ke perguruan tinggi semakin meningkat dan sudah menembuh perguruan tinggi ternama diluar Sumatra seperti UGM,UNPAD,IPB dll. Selain itu dibidag IMTAQ terjadi perkembangan seperti gencarnya sms tahajud yang dilakukan muri-murid hingga guru. Pada tahun pelajaran 2009/2010 SMA 12 Padang dipercaya melaksanakan program sekolah standar nasional. Drs.Prima Yunaldi,M.M mengakhiri jabatannya di SMA 12 pada tanggal 14 Maret 2011 dan dimutasikan ke SMA 2 Padang.

Kepemimpinan SMAN 12 Padang yang ke VI dijalankan oleh Drs.H Herman Hamad, M.Kom. saat dipimpin oleh beliau SMA 12 Padang berhasil meraih peringkat V adiwiyata tingkat provinsi dan peringkat I kota Padang. Pada bidang akademik SMA 12 Padang berhasil lulus 100% pada tahun 2012, dan berhasil menelorkan 8 orang siswa jalur PMDK. Pada tahun 2011/2012 beliau berani melakukan gebrakan penerimaan siswa baru sebanyak 360 siswa melalui psb online dan pada tahun 2012/2013 meningkat menjadi 11 kelas menjadi 440 siswa. Pada rentang kepemimpinan Drs. Herman H, M.Kom tepatnya tahun 2011 SMA Negeri 12 Padang ditimpa musibah kebakaran, yang meluluhlantahkan semua ruang perkantoran yang berjumlah enam ruang dan menghanguskan seluruh kekayaan dan inventaris sekolah. Namun Bapak Herman tidak mau tinggal diam menerima kondisi sekolah yang serba kekurangan. Secara berangsur-angsur inventaris dan sarana pendukung pembelajaran kembali dilengkapi, sehingga pelaksanaan pembelajaran tetap berjalan sebagaimana mestinya. Namun pada tahun 2012 SMA Negeri 12 Padang kembali ditimpa bencana yaitu bencana banjir bandang yang meluluhlantahkan semua inventaris sekolah dan data siswa. Peristiwa ini cukup menghantam mental semua stake holder yang ada di sekolah. Lingkungan sekolah yang hijau menjadi berantakan dan dipenuhi lumpur. Musibah ini memancing kepedulian berbagai pihak, salah satunya Direktorat Jenderal PKLK Jakarta. Dirjend PKLK ini memberikan bantuan berupa perbaikan lingkungan, halaman dan taman sekolah serta melengkapi kembali buku-buku perpustakaan yang habis dan hancur dilumuri lumpur banjir bandang. Gedung yang hangus terbakar juga tidak luput dari perhatian pemerintah pusat tersebut, maka SMA Negeri 12 Padang kembali mendapat bantuan untuk pembangunan kembali gedung yang terbakar dan pembangunan satu buah laboratorium kimia. Pada bulan Februari 2013  beliau ditarik ke dinas dan sekarang menjadi pengawas di dinas pendidikan kota Padang.                                                                                                                                    

Kepemimpinan SMA 12 Padang selanjutnya dijalankan oleh Drs. Zuwirman,M.Pd, pada masa kepemimpinan beliau lulusan SMA Negeri 12 Padang  diterima 46 orang melalui jalur SNMPTN (tanpa tes) pada perguruan tinggi favorit. Pada masa kepemimpinan Bapak Zuwirman ini SMA 12 Padang selalu berbenah dalam rangka penciptaan lingkungan yang indah dan asri, sehingga semua siswa dan stake holder yang ada di sekolah betah dan nyaman berada di sekolah.

Kepemimpinan SMA Negeri 12 Padang tahun pelajaran 2014/2015 di pegang oleh Drs. Syamsul Bahri, M.Pd.I. Sebelumnya beliau betugas sebagai Pengawas  Sekolah di lingkungan Dinas Pendidikan Kota Padang. Pada masa kepemimpinan Drs. Syamsul Bahri, M.Pd.I diaktifkan kembali kegiatan kultum setiap Jumat pagi, dengan penampilan baru dan berubah nama menjadi kuliah islami (KULMI). Prestasi lulusan tahun pelajaran 2013/2014 terus meningkat menjadi 149 orang diterima di perguruan tinggi.